Sinopsis
Después del fracaso de Skynet, gracias a la intervención de un humano enviado por la resistencia para salvar a Sarah Connor -el soldado y fiel seguidor de John Connor, Kyle Reese- las máquinas no se rindieron y esta vez envían a otro cyborg con una nueva misión; si la vez anterior no consiguieron acabar con Sarah, esta vez el objetivo es el propio John Connor, aún siendo un niño.
La resistencia captura a un T-800 CSM-101 (un Terminator "similar" al de la primera película), John Connor lo reprograma y lo envía al presente para proteger y obedecer en todo a su joven "yo" del pasado.
Las máquinas envían al avanzado T-1000, un prototipo de aleación mimética o metal líquido, capaz de copiar formas del mismo tamaño y de esa forma poder asesinar mucho más sutilmente a Connor.
Sarah Connor se encuentra encerrada en el hospital psiquiátrico de Pescadero, en el área de máxima seguridad, "impresionando" con sus fantásticas historias del fin de los tiempos y de las máquinas al Dr. Silberman (Earl Boen), de la misma forma que Kyle Reese en la primera película.
El joven John Connor es un joven rebelde que vive con sus padres adoptivos(a los cuales no respeta) después del arresto de Sarah por intentar hacer explotar una Industria Cyberdine fabricante de computadoras, después de vivir muchos años en México y Centroamérica aprendiendo a ser un líder militar.
El futuro ha cambiado; los humanos recuperaron del Terminator original un brazo y un chip, los cuales eran una tecnología muy superior y desconocida. El objetivo de Sistemas Cyberdyne (empresa que desarrollaría posteriormente a Skynet), es estudiar y comprender como funcionan esos extraños elementos radicalmente avanzados y de esa forma aplicarlos en la construcción de maquinaria civil y militar, décadas más avanzados de los que existen en esa época.
La historia se bifurca en 2 subtramas: La primera es sobrevivir y destruir al T-1000 que ha sido enviado para acabar con John Connor y Sarah Connor; la segunda y no menos importante es encontrar y destruir esos elementos, deteniendo así el desarrollo de las mencionadas máquinas y evitando el fin de la raza humana.
El T-800 da la información de donde vive y quien es la persona directamente responsable del estudio del brazo y el chip, el Dr. Miles Bennett Dyson. Sarah decide ir a asesinarlo, con el objetivo de interrumpir la investigación, pero en el último momento no puede matarlo, por que no es capaz de matar a una persona. En ese momento aparecen John y el T-800, el cual convence al investigador de ir a buscar esos elementos a la sede de Sistemas Cyberdyne, mostrándole su brazo igual al del T-800 que tiene guardado en una cámara acorazada de la sede central de Sistemas Cyberdyne y relatando la historia de lo que sucederá muy pronto si no se detiene su investigación.
Mientras están colocando explosivos en la sede central de Sistemas Cyberdyne, la policía rodea el edificio y se produce un enfrentamiento entre el terminator y los policías, en el que Miles Dyson resulta herido, con lo que se queda atrás voluntariamente para volar el edificio. Mientras tanto, el T-1000 llega al edificio y comienza a perseguir a John, Sarah y al T-800, primero en helicóptero y más tarde en un camión cargado de nitrógeno líquido.
La persecución termina en una acería, en la cual el camión vuelca y el nitrógeno se vierte, congelando al T-1000, el cual se vuelve solido, lento y muy frágil. El T-800 le dice Hasta la vista, baby (Sayonara, baby en la versión española) y le dispara, rompiéndolo como un cristal. Pero el T-1000, debido al calor de la fundición, se regenera para, minutos después, enfrentarse en una brutal lucha y termina clavando una vara de hierro en el torax del T-800 y al parecer lo extermina dañando su "celda de poder". Cuando todo parece perdido, el T-800 resucita (debido a una batería de reserva) y le dispara al T-1000 con un lanzagranadas, la granada se introduce dentro del cuerpo del androide y partiéndolo en dos en sentido vertical, lo que hace que pierda el equilibrio y caiga en una cuba de la fundición, derritiéndose.
Cuando, tras lanzar el brazo y el chip a la cuba, Sarah y John creen que todo ha acabado, el T-800 les recuerda que queda otro chip: el que está en su cabeza. Debido a que los T-800 no están programados para autodestruirse, le pide a Sarah que le baje hasta la cuba, a pesar de las negativas de John.
Se supone que el día del Juicio y el gobierno de las máquinas nunca se llevará a cabo. En el final normal, Sarah habla, mientras se ve la carretera por la que se va junto con John, con la esperanza de que si una máquina es capaz de entender el valor de una vida humana quizás aún se pueda salvar la humanidad.
